После того как Суд Европейского союза одобрил применение закона об амнистии, а Верховный суд Испании уже применил его в шести случаях, выяснилось, что помилование коснулось далеко не всех. Помимо громких дел лидеров «Процесса» — Карлеса Пучдемона и Ориола Жункераса, ожидающих решения Конституционного суда, — существует целый ряд активистов и политиков, которым судьи как в Мадриде, так и в Каталонии отказали в амнистии. В отличие от Пучдемона и Жункераса, которых исключили из-за сложной юридической аргументации судей Пабло Льярены и Мануэля Марчены по статье о растрате, остальные не попали под амнистию, поскольку правосудие сочло, что их действия не связаны с движением за независимость.
Одними из последних, кому отказали, стали восемь независимо настроенных активистов, осуждённых за срыв мероприятия «Гражданского общества Каталонии» (SCC) в честь Мигеля де Сервантеса в Университете Барселоны в 2018 году. Суд счёл их идеологию и мотивацию «абсолютно несущественными», хотя и признал отягчающее обстоятельство — дискриминацию по идеологическому признаку. Осуждённые подали апелляцию, настаивая, что SCC — организация, возникшая как ответ на «Процесс», и что антагонизм между испанистской организацией и независимо настроенными активистами — «парадигматическое проявление» того политического конфликта, который амнистия призвана урегулировать.
Годом ранее Апелляционный суд Барселоны подтвердил отказ в амнистии молодому человеку, осуждённому за протест марта 2017 года против присутствия SCC в Автономном университете Барселоны, в ходе которого были разрушены палатка и сожжён флаг Испании. Суд подчеркнул, что целью было «произвольное и неоправданное» воспрепятствование «свободным публичным дебатам».
Судья в Санта-Колома-де-Фарнерс отказался применять закон к четырём фигурантам дела о протестах июля 2023 года в Кальдес-де-Малавелья против визита короля Фелипе VI на вручение премий Фонда принцессы Жироны. Магистрат счёл акцию «антимонархической манифестацией», не имеющей отношения к независимо настроенному движению. Защита настаивала, что протест был направлен не против монархии как таковой, а против испанской монархии, однако Апелляционный суд Жироны отклонил амнистию, указав, что «неприятие» королевской семьи «может разделять» и те, кто не является независимо настроенным, «например, коммунисты или избиратели En Comú Podem».
В декабре 2024 года суд Таррагоны отказал в амнистии журналисту Карлесу Эредиа (Carles Heredia) и ещё одной женщине, обвиняемым в нападении на представителей власти и нанесении телесных повреждений во время протеста против присутствия партии Vox в Вальсе в ходе предвыборной кампании февраля 2021 года.
Пятеро фигурантов дела о протестах в Вике после ареста рэпера Пабло Аселя (Pablo Hasél), завершившихся штурмом и разгромом участка Моссос-д'Эсквадра, также остались без амнистии. Апелляционный суд Жироны пояснил, что амнистия «не предназначена для того, чтобы охватить все акции, поддерживаемые независимо настроенными», — необходима «глубокая связь» между событиями и «Процессом».
Не смог воспользоваться амнистией и Абель Мора (Abel Mora), молодой анархист, который попал в тюрьму в тот же день, когда Конгресс окончательно утвердил закон. Он был осуждён за нападение на участника мероприятия организации Jusapol в ноябре 2018 года, посвящённого сотрудникам правоохранительных органов, действовавшим 1 октября 2017 года. По версии обвинения, его спутник столкнул с лестницы мужчину с флагом Испании, а Мора, по мнению суда, «наблюдал за обстановкой», выступая в роли соучастника.
Верховный суд Испании отказал в амнистии Эулалии Регуант (Eulàlia Reguant), оштрафованной на 13 500 евро за отказ отвечать на вопросы партии Vox в ходе суда над лидерами «Процесса». Суд счёл, что её поступок не был «проявлением поддержки» независимости, а являлся «неподчинением распоряжениям суда».
Из амнистии исключили и Лауру Борраc (Laura Borràs), осуждённую за превышение полномочий и подлог документов по делу Института каталанской литературы. Она утверждала, что имеет «интенсивно выраженную независимую позицию» и работала в правительстве с «явно выраженной процессуалистской направленностью», однако Верховный суд ответил, что её действия не «вписываются в контекст «Процесса». Десять дней назад правительство Испании частично помиловало её, чтобы избежать тюремного заключения.
Экс-советник правительства Женералитата Санти Вила (Santi Vila), подавший в отставку до провозглашения независимости, также просил амнистию по делу о ценностях монастыря Сишена. Судья Барселоны отказала, сочтя, что не соблюдены «ни конкретно, ни в целом» требования закона.
Наконец, амнистия не коснулась и некоторых сотрудников правоохранительных органов. Наиболее громкий случай — четверо агентов Национальной полиции, обвиняемых в нанесении телесных повреждений Рожеру Эспаньолу (Roger Español), который лишился глаза от удара резиновой пулей. Апелляционный суд Барселоны счёл, что амнистия не распространяется на «умышленные действия», повлёкшие «потерю или утрату функциональности» органа или чувства. При этом суд амнистировал самого Эспаньола, обвинявшегося в нападении на полицейских. Судебный процесс начнётся через месяц.